Roku 1526 byly Čechy bez krále, vybrán byl FERDINAND I. HABSBURSKÝ. Nejvíc toho nasliboval a budil dojem slabého panovníka. Byl ale schopný a věděl, co chce.
Chtěl posílit královskou moc a katolickou církev. Byl zvolen také králem uherským a arciknížetem rakouským. Tři státy se tak spojily do personální unie. Zakládal nové důležité úřady a nepouštěl do nich vysokou šlechtu. Ta si toho všimla až roku 1547. Ke šlechtě se přidala města. Chtěli využít Šmalkaldské války. Císař žádal svého bratra Ferdinanda o pomoc, ten ale vlastní vojsko neměl a šlechta ho odmítla. Císař ale ve válce nejprve vyhrával a tak Ferdinand nabídl smír. Dohodl se se šlechtou a tvrdě potrestal města – omezil samosprávu (vznikl královský rychtář) a zavedl nové daně. Královská města začala stagnovat, rozvíjela se města poddanská.
Neúspěšný byl ale v náboženství. Chtěl legálně jen dvě náboženství, katolíky a kališníky. V Tridentu proto dosáhl obnovení basilejských kompaktát. Doufal, že kališníci postupně vymřou a zbudou jen katolíci. Vystupování proti ostatním náboženstvím mu ale nebylo nic platné.
Do Čech pozval roku 1556 jezuity. Začala úspěšná protireformace.
Roku 1564 nastoupil Ferdinandův syn MAXMILIÁN II. Byl nábožensky celkem tolerantní. Roku 1575 mu čeští nekatolíci předložili žádost o povolení náboženské svobody (Česká konfese). Maxmilián jim požadavky ústně potvrdil a rok na to zemřel.
Nastoupil další Habsburk, RUDOLF II. Odstěhoval se z Vídně do Prahy. Ta se tak stala jedním z hlavních měst evropské politiky. Rudolf byl vychován ve Španělsku, jeho představy o katolictví a absolutismu se proto značně rozcházely s českou silnou šlechtou a spoustou náboženství.
Brzy narazil na problémy, přestal se zajímat o vládu a věnoval se umění.
Začalo narůstat napění mezi Francií (+Nizozemí) a Habsburky (Španělsko, České země, Rakousku, Uhry, Říše + papež). Na dva tábory se rozdělila i šlechta v říši. Vznikla takzvaná Katolická liga a Protestantská unie, kterou vedl kníže Fridrich Falcký).
Mezi oběma skupinami narůstalo nepřátelství, šlo o budoucí převahu v Evropě.
Habsburkové potřebovali pro válku oporu ve střední Evropě. Rakousko bylo chudé, většinu Uher ovládali Turci a v Říši byla situace nejistá, jedinou možností proto byly Čechy. Zde ale byla třeba protireformace. Nekatolíci ale využili rozporů mezi Habsburky a slíbili Rudolfovi věrnost za náboženskou svobodu. Roku 1609 jim vydal Rudolfův majestát. Náboženskou svobodu tak získala většina nekatolíků.
Roku 1612 ale nastoupil MATYÁŠ. Odstěhoval se do Vídně a začal opět se silnou protireformací. I přes bourání kostelů to šlo ale pomalu. Začala se také řešit nástupnická otázka. Ukázalo se totiž, že Matyáš nebude mít děti. Jako nástupce byl vybrán Ferdinand II. Štýrský. Jako fanatický katolík byl pro českou šlechtu jen těžko přijatelný. Po smrti Matyáše se v květnu 1618 sešli čeští nekatolíci v Praze, aby se poradili, co bude dál. Vytvořila se skupinka radikálů, která se 23.května 1618 vydala na Hrad, kde vyhodila z okna dva místodržící (Slavata a Martinic). Udála se tak (nekrvavá) Druhá pražská defenestrace. Tím začalo České stavovské povstání a Třicetiletá válka.
1618-1620
Stavové vytvořili prozatímní vládu 30 direktorů. Chystali se na válku a hledali pomoc v zahraničí. Roku 1691 byl oficiálně sesazen Ferdinand a zvolen FRIDRICH FALCKÝ, vůdce protestantů v Německu. Doufali, že jim pomůže Protestantská unie. Pomoc byla ale malá, o něco víc přispělo jen Nizozemsko, chápající vše jako boj proti Habsburkům.
Ferdinand oproti tomu dostal pomoc ze Španělska, od katolické ligy i od papeže.
Válka nejprve probíhala pro stavy dobře, pak se ale ukázala početní i finanční převaha a 8.listopadu 1620 bylo stavovské vojsko poraženo na Bílé Hoře. Fridrich Falcký utekl (proto se mu říká Zimní král) a těžko dobytelná Praha kapitulovala.
27 českých pánů, vůdců povstání, bylo 21.června 1621 popraveno. Začala konfiskace, do Čech přišla spousta cizí šlechty, odměněná králem zabaveným majetkem.
Roku 1627 vyšlo Obnovené zřízení zemské. Dovolovalo jen katolictví (nastala vlna emigrace). Český trůn se stal pro Habsburky dědičným a němčina se zrovnoprávnila s češtinou.
1621 - 23
Ferdinand zaútočil na Fridrichovu domovinu, na Falc. Rychle vyhrál a Fridrich utekl. Habsburské vítězství se ale nelíbilo Francii, tak získala pro válku Dánsko, které vždy chtělo pobřeží Baltu.
1625 - 29
Dánové měli zpočátku velkou převahu. Albrecht z Valdštejna, který si nabral na konfiskacích, se nabídl, že na vlastí náklady postaví vojsko, když král bude platit jeho udržování. Armádu postavil a porazil Dány. Byl jmenován generalissimem, vrchním velitelem všech vojsk, s oprávněním kdykoli zajít k císaři. Udělal si ale spoustu nepřátel a ti přemluvili Ferdinanda, aby byl propuštěn.
Albrecht se naštval a chtěl se pomstít.
1630-35
Francie přemluvila k válce Švédsko, které také chtělo ovládnout Balt.
Švédskou armádu vedl král Gustav Adolf. Vítězili, ale proti Ferdinandovi II. se vzbouřilo Sasko. Císař nakonec sám požádal Valdštejna, aby se opět ujal velení. Ten souhlasil a znovu získal svá privilegia. Začal se Švédy bojovat, ale zároveň s nimi jednal o spojenectví proti císaři. Roku 1632 u Lützenu byl ale Gustav Adolf zabit a Albrecht ztratil důvěru.
Císař se o všem dozvěděl a nechal ho v únoru 1634 zavraždit.
Švédsku začaly docházet síly a Sasko se nechalo uplatit Lužicí, tak do války vstoupila sama Francie.
1635-48
Válka pokračovala nerozhodně, probíhala ale většinou na území Čech. Severní polovinu země dokonce na čas ovládlo Švédsko.
Nakonec roku 1648 začala jednání ve Vestfálsku. Švédové ale potřebovali nějaký argument k jednání a tak v létě 1648 oblehli Prahu, dobyli Malou stranu a Hradčany a ukradli, co mohli (Rudolfínské sbírky a Rožmberskou knihovnu).
Nakonec byl uzavřen tzv. Vestfálský mír. Nikdo nedostal, co chtěl. Švédsku připadla značná část Pobaltí, Francie získala převahu v Evropě a Habsburkové si udrželi vládu v Českých zemích, Rakousku a Uhrách, ale prakticky přišli o moc v Říši. Nejhůře dopadly samotné Čechy, protože mír vzal za základ stav poměrů z roku 1621, Obnovené zřízení zemské tudíž zůstalo v platnosti.